在野生原野区收服到肯泰罗的卡勒姆带着小智和莎莉娜一路旅行，顺路来到黑暗市。使两名相互斗争的道馆馆主改邪归正，重建城镇，使镇上的居民不再讨厌神奇宝贝训练家，城镇也恢复了和平。皮卡丘也成了三个小鬼头的小老师，给他们留下了它的小手掌印做签名。离开了黑暗市，小智和莎莉娜卡勒姆姐弟继续前进。
“哒、哒、哒、哒、哒”。小智骑着雷电兽来到了大傻谷，有一大群人来来往往，不用说也知道他们是夹寻找神奇宝贝化石的。
卡勒姆 卡雷诺，就是这里了。
小茂 嗨～我还以为是谁呢，原来是小智和卡勒姆啊。
小智调头一看，原来是小茂(穿着一身考古装备)
小智 小茂，你也来寻找神奇宝贝化石啊。
小茂 那当然喽，因为发现了神奇宝贝化石，所以掀起了寻找神奇宝贝化石的热潮。(嘲讽)倒是你还真是土啊，竟然还骑雷电兽
卡勒姆 骑神奇宝贝哪里土了？我倒是觉得比你的车要好多了。
小茂 你是嫉妒吧～
卡勒姆 怎么会，又不是你自己在开。
三股气场开始相互对立
小蓝 你们三个怎么又吵起来啦？
小茂 小蓝！
三个人 小霞！小刚！
小蓝 嗨～小智卡勒姆还有小茂。
小智 小霞、小刚你们果然来了。
小霞 那是当然的。
其实小智他们早就和小霞、小刚约好要在大傻谷碰面一起旅行。
话不多说，五人一起进入大傻谷，里面有一大群人正在四处挖掘。
“砰——！”小茂挖到了一样东西。小茂的啦啦队欢快的帮他庆祝，化石搜寻者拿起那块东西，拿出放大镜仔细的看了看
小茂 (高兴)这是什么神奇宝贝的化石？
跑龙套 化石搜寻者：(还给小茂)这是神奇宝贝的‘大便化石’。
小茂 (扑街)哎哟！
跑龙套 啦啦队：(哭丧着脸)讨厌！大便！！！
小蓝 (偷笑)呵呵呵～
小智放出多丽米亚，和小霞、小刚四处寻找、挖掘
多丽米亚（绅士造型） 汪汪～！
小智 多丽米亚发现什么了吗？
多丽米亚抬起头跑了起来，小智和卡莎姐弟立刻跟了上去，小霞、小刚也跟了上去。跑着跑着，多丽米亚停了下来
小智 到底发现了什么？
多丽米亚（绅士造型） 汪汪～(看前面)
小智等人往前一看，原来是火箭队，仔细一看，他们正在安装
小智 火箭队，你们在干什么！？
小次郎 我们想炸掉岩盘找出化石。
小刚 这样子的话，在挖掘的人们就有危险了！
卡勒姆 我去阻止他们，姐姐、小智、小霞、小刚你们四个去转告大家，叫大家赶紧逃走！
小刚 知道了！
小刚 卡勒姆！
小霞 皮卡丘！
小刚和小霞立刻开始搬石头，想把卡勒姆和皮卡丘救出来。另一边，卡勒姆抓住皮卡丘和雷电兽调整了一下姿势，完美落地，火箭队却摔惨了。
卡勒姆 这里是…
武藏 这个地方阴森森的耶。
喵喵 原来如此，我知道了，这里是地下洞窟，刚才那场大爆炸，在这个洞窟上面开了个大洞，我们是从那个洞掉下来的。
卡勒姆 还不都是你们害的！
皮卡丘（皮卡） 皮卡～皮卡！
雷电兽（卡雷诺） 雷电！
喵喵 现在不是吵架的时候吧，喵～
卡勒姆 烈箭鹰，就决定是你了！
烈箭鹰一出来，就因为身上的火焰而使四周明亮了起来。就在众人想办法的时候
皮卡丘（皮卡） (指着一个地方)皮卡～
武藏 那、那个是什么啊？
顺着皮卡丘的手就看到那边的黑暗中出现了好多的红色光芒，在阴森森的洞窟里显得格外吓人。
卡勒姆 是菊石兽、多刺菊石兽、化石盔和镰刀盔，据说是几万年前就绝种的神奇宝贝。
武藏 太棒了，我们将要成为幸存的古代神奇宝贝的发现者了耶。
武藏和小次郎听到卡勒姆的话后非常高兴，已经开始幻想以后美好的生活了。
喵喵 可是，它们看起来好像不太友好啊，喵～它们的眼中都充满了血丝，难道是因为我们把它们吵醒了的关系吗？喵～
就在化石神奇宝贝们包围住卡勒姆和火箭队的时候，“吼——！！”一声巨大的吼叫传来，化石神奇宝贝们连忙逃走了，接着一个黑影飞来
卡勒姆 是化石翼龙！（想起了多罗巴的化石翼龙）
卡勒姆话音刚落，化石翼龙就冲了上去，卡勒姆灵巧的一躲，化石翼龙反而抓住了一旁的火箭队
三个人 快救救我们啊！！！
小刚 卡勒姆！
小霞 皮卡丘！
这时，上面传来了小刚跟小霞的声音，堵住洞口的石块落了下来，化石翼龙听到声音，带着火箭队飞出了洞窟，出现在众人面前。地下，卡勒姆收回雷电兽，带着皮卡丘骑着烈咬陆鲨飞出了洞窟。刚出洞就看到小蓝已经和化石翼龙开战了
小蓝 妙蛙草，飞叶快刀！
化石翼龙飞起来躲过了飞叶快刀(火箭队已经不知道被化石翼龙扔到哪儿了)。化石翼龙对妙蛙草使出翅膀攻击，妙蛙草被打了个措手不及，滚到了小蓝身边
小蓝 (心疼的抱住)妙蛙草。
可能是为了不让小蓝担心，妙蛙草站了起来，全身冒出蓝白色的光，身体开始变大，背上的蓓蕾绽放开来
小蓝 妙蛙草…(高兴)进化成妙蛙花了。
可还没等小蓝高兴太久，一道紫黑色的能量攻了过来，妙蛙花使出进化后学会的新招式花瓣舞，挡住了破坏死光
小蓝 妙蛙花，花瓣舞！
化石翼龙受到了龙卷风一般的花瓣的攻击，遭到了重击
小蓝 好，再来一次，花瓣舞！
可妙蛙花看起来好像不太对劲，看来是因为花瓣舞陷入了混乱，化石翼龙已经被激怒，向他们冲了过来
卡勒姆 烈咬陆鲨，喷射火焰！
烈咬陆鲨喷出一道火焰阻止了化石翼龙
卡勒姆 小蓝，交给我吧。
小蓝 (收回妙蛙花)嗯，交给你了。
卡勒姆 烈咬陆鲨，龙之波动！
龙形能量重重的打在化石翼龙身上，化石翼龙意识到不是对手，转身逃走
卡勒姆 烈咬陆鲨，追上去用龙之怒。
烈咬陆鲨立刻追了上去，吐出一个深蓝色的光弹，击中了化石翼龙，化石翼龙受到了很大的伤害，体力不支的从空中掉了下去
这时地面上出现了一只拿着麦克风的胖丁，胖丁站在自以为是舞台的探照灯下的椅子上，唱起了歌，在场所有的人和神奇宝贝都睡着了。，睡着了。卡勒姆睡着后，从烈咬陆鲨身上滚了下来，抱住了一颗蛋。胖丁唱完后，看到大家都睡着了，气得都膨胀了起来，然后用它麦克风里的马克笔在大家的脸上画上了涂鸦。
众人醒来后，发现了脸上的涂鸦
卡勒姆 那只胖丁是怎么回事啊！？
小刚 我们认识那只胖丁。
三个人 哈？
小刚 那只胖丁是我们在霓虹镇附近的森林里遇到的，小霞决定收服那只胖丁，但我们发现那只胖丁失去了唱歌能力，于是我们就帮它找到了恢复声音的树果。我们让它唱歌看看，没想到我们被催眠了，我们睡着让它很生气，于是它在我的包里找到了麦克笔在我们脸上涂鸦。
莎莉娜 这样啊。
君莎小姐 化石神奇宝贝的出现是因为听到胖丁的歌而睡着做的梦，由于现在大傻谷有怎全谷塌陷的危险，要封锁大傻谷。
众人离开大傻谷
卡勒姆 对了(从包里拿出一颗蛋)，我醒来时，发现自己抱着这颗蛋，你们谁要吗？
小刚 小智，卡勒姆，你们俩不要吗？
小智 嗯，我有妖火红狐他们就够了，已经满足了。
卡勒姆 我也是
小霞 那给我吧。
卡勒姆 好，给你吧。(递给小霞)
小霞 (接过蛋)谢谢你，小智，卡勒姆，莎莉娜。
三个人 不客气
就这样，小霞跟小刚加入了队伍，五人一起开始了旅程。