94年初，世界各地著名的格斗家们突然接到用红色“r”封口的邀请函，信函里要求格斗家们三人一组参加7月举行的“格斗之王”大赛。经过初赛之后，八个队伍进入选拔赛，他们是：由美国著名流浪格斗家特瑞?伯加德和他的兄弟安迪?伯加德及泰拳王东丈组成的饿狼队；由极限流空手道的师徒三人，坂崎琢磨、坂崎良、罗伯特?加西亚组成的龙虎拳队；由军人出身的哈迪兰上校、克拉克上尉、拉尔夫上尉组成的怒之队；来自中国的麻宫雅典娜、锥拳崇、镇元斋组成的超能力队；由坂崎尤莉、不知火舞、金组成的女性格斗家队；由来自韩国的金家潘和他的两个徒弟，陈国汉、蔡宝健组成的金家潘队；由拳击手heay、篮球手ky、橄榄球手brian组成的美国运动员队。而其中引人注目的一队却是由拥有雷电之力的二阶堂红丸，柔道界的名宿大门五郎，和一个年仅17岁的高中生，草雉家的传人：草薙京。

    大赛开始进行，草薙京以家族的赤焰之力脱颖而出，成为大赛的胜利者。此时大赛的内幕也展开了，原来大会的主办者名叫卢卡尔，爱好是收集被他打败的格斗家的塑像，但（06）草薙京感觉到了他身上的大蛇之力，这个卢卡尔接受了大蛇之血，就是像八神家那样与大蛇一族订下了“血之契约”。

    虽然卢卡尔的力量异常强大，但最终还是被草薙京打败，重伤的他想将整个会场引爆，与众格斗家同归于尽，这时，草薙京的父亲草雉?柴舟出现救了众格斗家，但他自己却与卢卡尔同时消失于爆炸的火光之中这是拳皇系列的第二部作品，开始引入玩家可以根据个人喜好选择角色组队游戏的“自由组队模式”，并添加了许多其它的新元素。另外，增加了草薙京的敌对角色--八神庵，受到广大玩家的极度欢迎。