这一版本是“拳皇‘94”~“拳皇‘97”的集大成者。继承了以往作品的主题，可以多角色参战，是一部真正实现玩家梦想的格斗游戏。依旧采用aane和exra双模式，主力系统方面仅仅是对“拳皇’97”稍加改动，但在角色平衡性方面取得了极大的进步。

    拳皇99

    该版本中重新修改了游戏系统，加入了援护攻击、uner模式等新元素，剧情方面也进入了“ness篇”，主人公草薙京将会被新生代角色“k’”替代也成为热门话题。

    “再次举办拳皇大赛！”，世界各地的格斗高手再次收到这样的邀请函，拳皇大赛要再度举办了！

    但是这次和以往不同的是，再社会上并没有得到强烈的反响。不久，一头雾水的选手们收到了更加惊人的消息：大赛将采取全新的对战模式！

    “本次大赛的赛制是3对3，但是会加入援护攻击。。。。。。

    “援护攻击？！

    面对这一陌生的对战形式，选手们都有些不知所措。

    另一方面，察觉到大会似乎隐藏着什么阴谋的海顿，让拉尔夫等人混入其中，暗自调查大会召开的真正目的。

    其中，二阶堂红丸也作为特殊战队的一员被邀请参赛。但是在预定的队友名单中却只有k’和马克西马，并没有看到红丸的名字。对此感到万分疑惑的红丸和众选手，为了解开心中的疑问，向大赛举办地进发。

    援护攻击到底是什么呢？

    本次大赛又会有什么不可告人的内幕呢？

    新一轮的拳皇大赛在重重迷雾中缓缓拉开了帷幕！

    拳皇2000

    该版本，在“拳皇99’”的基础上，更易操作，强化型援护攻击的导入，在援护攻击方面战术应用显得至关重要。snk中的历代角色作为援护攻击角色出现，使得拳皇2000可以称得上是snk游戏中的集大成者。

    神秘的秘密组织“ness”刚刚浮出水面不久，但是这段时间似乎是与本次大赛毫无关系般的销声匿迹了。

    另一方面，与“ness”的动向相对应，世界各地频频发生恐怖袭击事件。

    海顿等雇佣兵部队，调查到这些事件都是由k’、马克西马二人谋划的。

    而正当海顿等人要对二人展开进一步跟踪调查的时候，接到了“拳皇大赛”要再次举办的通知函。。。。。。

    世界各地的格斗高手之间展开了残酷的淘汰赛。

    令人惊讶的是在被邀请的战队中竟然包括k’和马克西马！

    冥冥中似乎是为了更接近k’和马克西马两人一般，“ness”开始发动第二阶段的计划！

    ness又开始活动了！是偶然吗？还是。。。。。。！？

    空气中充斥着即将大乱的浓重气息，新一届的拳皇大赛缓缓开幕。。。。。。！！